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Résumé

En 2020, en à peine quelques mois, un nouveau coronavirus a plongé le monde dans l'une des crises sanitaires les plus dramatiques jamais recensées. Prise au dépourvu sur les fronts sanitaire, politique et scientifique comme beaucoup d'autres pays, la France a été contrainte d'imposer des mesures d'une ampleur sans précédent pour préserver son système de santé. La succession de variants et sous-variants du SARS-CoV-2 depuis 2021 et la circulation intense de la grippe aviaire en 2024 ont fait de la préparation intersectorielle aux futures menaces virales respiratoires une priorité internationale. Dans ce contexte, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a renouvelé en 2022 sa liste des agents pathogènes prioritaires à cibler en y ajoutant la maladie X, causée par « un agent pathogène inconnu susceptible de provoquer une grave épidémie internationale ». En mentionnant une menace encore non identifiée, l'OMS a exhorté la communauté internationale à élargir la recherche scientifique à des espèces et souches d'agents pathogènes encore non répertoriées, afin de se préparer à la prochaine pandémie, qui sera probablement causée par un nouveau virus respiratoire. À cette fin, nous avons un besoin urgent de modèles innovants et de protocoles de recherche facilement applicables dès le début d'une telle épidémie, afin d'informer en temps réel tous les acteurs et autorités de santé grâce à des analyses, des prévisions à court terme et des projections fiables.

Le projet PReViX développe un cadre de recherche et sanitaire applicable aux virus respiratoires qui répond aux incitations de l'OMS. Il s'appuie sur le corpus scientifique et l'expérience opérationnelle acquis lors des épidémies et pandémies de grippe ou de coronavirus au cours des deux dernières décennies. Ce projet est organisé en six axes de travail, chacun utilisant des approches quantitatives adaptées aux défis à relever en matière de diversité des sources de données, d'analyse en temps réel et de soutien à la prise de décision sanitaire d'urgence. Ces axes permettront d'établir les contours microbiologiques, infectieux et épidémiologiques des futures menaces virales respiratoires, tout en proposant des méthodes innovantes pour surveiller, caractériser, modéliser en temps réel et intervenir sur la propagation précoce d'un virus respiratoire (ré)émergent, sur la base des premières données disponibles, hétérogènes tant en termes de nature que de qualité.

Les principaux défis sont les suivants :

  1. l'évaluation précoce du potentiel pandémique et sanitaire du virus respiratoire, par rapport aux épidémies précédentes,

  2. l'utilisation de la dynamique virale et immunitaire au sein de l'hôte pour éclairer les profils cibles des vaccins et les politiques de test,

  3. le développement d'outils plus performants et plus accessibles pour exploiter les séquences génomiques virales,

  4. une meilleure caractérisation de la dynamique des anticorps et l'amélioration des prévisions épidémiques à partir des données antigéniques,

  5. la conception de stratégies précoces d'interventions non pharmaceutiques et

  6. la capacité du système de santé à faire face aux futures épidémies en fonction de leurs caractéristiques.

Ce projet est mené par un consortium national de 9 unités de recherche réparties sur 4 sites, dotées d'une expertise interdisciplinaire couvrant les domaines de l'épidémiologie et de la modélisation des maladies infectieuses, de la santé publique, de la phylogénomique, de la virologie, de l'infectiologie, des sciences comportementales et sociales, et ayant produit plusieurs résultats majeurs pendant la pandémie de COVID-19. Il contribuera à consolider la communauté scientifique française dans les approches quantitatives de la recherche sur les maladies infectieuses. Il permettra d'obtenir des résultats scientifiques de niveau mondial et de produire, en étroite collaboration avec les principaux acteurs de la santé publique en France, des évaluations de risque décisives pour les futures épidémies de virus respiratoires. En catalysant l'émergence de la prochaine génération de chercheurs interdisciplinaires dans le domaine des maladies infectieuses à travers le pays, tout en consolidant les interactions entre la recherche publique, les agences de santé et les décideurs autour de l'anticipation d'une pandémie de virus respiratoire encore indéterminée, ce projet vise à contribuer, scientifiquement et au-delà, à la préparation du pays à de futures épidémies et crises sanitaires.